Früher war Wollishofen zu St. Peter kirchengenössig; ab ca. 1270 zu Kilchberg. Die Wollishofer marschierten somit Sonntag für Sonntag die Strecke zu „ihrer“ Kirche. 1702 wurde die eigene Kirche errichtet. Die Hausväter der Gemeinde steuerten zum Bau 2070 Pfund bei, die Obervögte von Kilchberg 1000 Pfund. Bürgermeister und Rat der Stadt Zürich spendeten 1200 Pfund, die renovierte Schlaguhr vom alten Rathaus sowie das zur Absprengung notwendige Pulver. Als Vorbild für den Bau diente die 1683 errichtete Kirche in Affoltern bei Zürich. Die Grundsteinlegung erfolgte am 27. April 1702; die Einweihung am 26. November 1702.

Nachbarliche Hilfe zum Bau der Kirche kam von den Gemeinden Enge, Riesbach, Hirslanden, Zollikon (Geldbeträge), Wiedikon, Altstetten, Albisrieden (2 Eichen, 6 Tannen), Rüschlikon, Bendlikon, Ober- und Unterleimbach (weiteres Bauholz). Dazu wurden Frondienste geleistet und Naturalien wie Wein und Brotgetreide für die Arbeiter gespendet. Die Schlussabrechnung von Obervogt und Ratsherr Locher ergab bei Ausgaben von 7501 Pfund, 5 Batzen und 2 Hellern einen Einnahmenüberschuss von 7 Pfund 14 Batzen. Dieses Geld bildete mit einer Spende von 100 Pfund durch Locher den Grundstock des neuen Kirchengutes.

Der früheren Dorfkirche kommt als Erinnerung an den einstigen Dorfkern eine historische Bedeutung zu. Sie wurde mit Stadtratsbeschluss vom 27.6.1968 unter Schutz gestellt. Heute ist die Alte Kirche Wollishofen auch eine beliebte, stimmungsvolle Hochzeitskirche.